История кафедры математического моделирования отсчитывается с 1964 года и богата значительными событиями. Созданная выдающимся советским математиком и механиком академиком Николаем Николаевичем Яненко, она первоначально носила название «Кафедра численных методов механики сплошной среды», хотя ведущиеся на ней работы не исчерпывались только численными методами: интенсивные исследования велись (и ведутся) соотрудниками кафедры в области теории дифференциальных уравнений и их приложений, по системам программирования и многим другим направлениям чистой и прикладной математики. В 1997 году кафедра стала называться «Кафедра математического моделирования».
В настоящее время на кафедре работают более тридцати сотрудников, из которых 14 профессоров и 10 доцентов. На кафедре работает действительный член РАН профессор Ю.И. Шокин. Со времени основания кафедру окончили более 800 студентов, свыше 300 выпускников защитили кандидатские диссертации, свыше 30 – докторские. Выпускники кафедры работают в отраслевых и академических научно-исследовательских институтах, на математических кафедрах вузов, в вычислительных центрах, а также компаниях, занимающихся наукоёмким производством. Наконец, следует отметить, что уже несколько десятков студентов и аспирантов кафедры стали дипломантами и призёрами различных исследовательских конкурсов и конференций – Всесоюзных, Всероссийских и региональных – проводимых среди научной молодёжи.
Кафедра обеспечивает чтение лекций, проведение семинарских и лабораторных занятий по методам вычислений на механико-математическом факультете НГУ и на физическом факультете НГУ. Дисциплины, преподаваемые на кафедре, делятся на обязательные (для всех студентов) и специальные (слушаются по желанию). Практически по каждому читаемому на кафедре курсу её сотрудниками изданы учебные или методические пособия или разработки. Кроме того, за время существования кафедры её сотрудниками издано 14 монографий.
Сотрудники кафедры в 2009 году: слева направо сидят – А.Д.Рычков, В.П.Шапеев, В.М.Ковеня, Ю.И.Шокин, Г.С.Хакимзянов, Г.Г.Лазарева, стоят – В.Б.Карамышев, С.Г.Чёрный, А.Г.Горобчук, А.С.Лебедев, Г.Г.Черных, Д.В.Чирков, В.Б.Барахнин, В.И.Паасонен, В.Н.Лапин, Ю.Н.Григорьев, Б.И.Квасов, С.К.Голушко, П.В.Воронина, С.П.Шарый.