Для расчета электромагнитных полей зачастую используется известная схема с перешагиванием, обладающая условной устойчивостью. В работе предложена  неявная конечно-разностная схема для решения уравнений Максвелла в трехмерном случае, с учетом различных масштабов области по различным направлениям, с целью повысить ее устойчивость. Новая схема удовлетворяет законам Гаусса для электрического и магнитного полей в разностном виде, а также сохраняет амплитуду волны и несущественно изменяет скорость ее распространения в зависимости от углов по отношению к осям координат. Создан двумерный код для расчета распространения электромагнитных волн в прямоугольной области. Проведены тестовые расчеты, показавшие, что предложенная неявная конечно-разностная схема не уступает по качеству стандартной схеме с перешагиванием и позволяет проводить расчеты электрофизических величин из уравнений Максвелла для областей с различными масштабами по пространству.