Институт вычислительных технологий СО РАН, имеет широкий спектр международных связей. Институт плодотворно сотрудничает с High Performance Computing Center in Stuttgart (Высокопроизводительный вычислительный центр в Штутгарте), сотрудничество с которым началось с заседаний Российско-германской рабочей группы по высокопроизводительным вычислениям (2004, 2005, 2006, 2007 гг.). Совместным проектом с германскими коллегами является проводимая примерно 1 раз в 2 года Российско-германская школа молодых ученых по параллельному программированию и высокопроизводительным вычислениям (HPCSchool; 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2011, 2013, 2015, 2017 гг.). Еще одним европейским партнером является Математический институт Сербской академии наук и искусств, (Математички институт Српске академиje науке и уметности; Белград, Сербия), сотрудники которого входят в совместную российско-сербскую рабочую группу по математическому моделированию. Совместно проводится международная конференция «Mathematical and Information Technologies (MIT)» (2009, 2011, 2013, 2016 гг.), на которой в том числе обсуждаются результаты совместной работы.

Тесное сотрудничество Институт вычислительных технологий СО РАН ведет с коллегами из ближнего зарубежья — Казахстаном. Работы по математическому моделированию и информационным технологиям проводятся совместно с Казахским государственным университетом имени аль-Фараби и  университетом имени С. Аманжолова. Также с казахстанскими партнерами проводится международная конференция «Computational and Informational Technologies in Science, Engineering and Education CITech» (в 2002, 2003, 2004, 2006, 2008, 2011, 2013, 2015 гг.), на которой в том числе обсуждаются результаты совместной работы.

Важнейшими зарубежными партнерами являются:

1. High Performance Computing Center in Stuttgart, Germany (Высокопроизводительный вычислительный центр в Штутгарте, Германия);
2. University of Freiburg, Germany (Университет Фрайбурга, Германия);
3. Mathematical Institute of the Serbian Academy of Sciences and Arts (Математический институт Сербской академии наук и искусств);
4. University of Pristina in Kosovska Mitrovica, Serbia (Университет Приштины в Косовской-Митровице, Сербия);
5. University of Nis, Serbia (Нишский университет, Сербия);
6. Казахский государственный университет им. аль-Фараби, Казахстан;
7. Восточно-Казахстанский государственный университет им. С. Аманжолова, Казахстан.

Многие сотрудники Института вычислительных технологий СО РАН принимают деятельное участие в работе международных научных и научно-общественных организаций:

1. Asian Computational Fluid Dynamics Society (Азиатское общество вычислительной гидродинамики);
2. American Mathematical Society (Американское математическое общество);
3. American Society of Mechanical Engineers (Американское общество инженеров механиков);
4. European Academy of Sciences (Европейская Академия наук);
5. European Geophysical Society (Европейское геофизическое общество);
6. Комиссия по цунами при Отделении наук о Земле РАН.