В современном мире изучение эволюции различных молекулярно-генетических систем является глобальной и важной проблемой биоинформатики. Частичное ее решение дает популярный в наше время метод эволюционного анализа – филостратиграфический анализ. При помощи него определяют время возникновения гена, оценивая распределение ортологичных ему генов в геномах организмов, принадлежащих к различным таксономическим группам.

На текущий момент не существует общепринятых стандартов и методов проведения данного анализа, реализованных при помощи достаточно стабильного, понятного с точки зрения использования и развитого программного обеспечения. Во многом эту проблему решает веб-приложение Orthoweb, которое является многофункциональным средством для расчета эволюционных индексов. Но эволюционный анализ в Orthoweb проводится без какой-либо визуализации данных и только для набора генов, но не генной сети, которая является важным объектом исследования.

Таким образом, была сформулирована цель – разработать средство эволюционного анализа и визуализации генных сетей с возможностью отображения необходимых характеристик, полученных в ходе анализа.

В результате работы при помощи языков программирования Java и JavaScript, а также набора библиотек cytoscape.js был разработан и интегрирован в Orthoweb специальный модуль, при помощи которого появилась возможность проводить анализ генной сети и представлять ее в виде графа, с элементами которого можно взаимодействовать. При этом значения исследуемых характеристик отображаются при помощи цвета, размера и других различных способов.

Практическая ценность проделанной работы состоит в том, чтобы расширить функциональность Orthoweb и дать возможность исследовать и визуализировать генные сети с помощью удобного и простого инструмента.

Научный руководитель – Лашин С.А.

Семинар будет проведен в смешанном формате. Очное заседание пройдет в  конференц-зале ФИЦ ИВТ (к.513), дистанционно к семинару можно будет подключится по ссылке https://vcs-6.ict.nsc.ru/b/grz-ayy-7ne

Запись семинара: https://vcs-6.ict.nsc.ru/playback/presentation/2.3/caeaa151fe7743faa3d160ccb904deddc5b7d1cb-1649130419654