Распознавание композиционных элементов (КЭ), представляющих собой пару часто встречающихся вместе и близко расположенных сайтов связывания транскрипционных факторов (ТФ) (мотивов) важно для выяснения механизмов ткане- и стадиеспецифичной экспрессии генов. Действие одного ТФ, исследуемого в эксперименте ChIP-seq (якорного ТФ) в различных условиях могут опосредовать разные партнерские ТФ. Однако, имеющиеся способы поиска КЭ в данных ChIP-seq не допускают перекрывание мотивов якорного и партнерского ТФ. Для распознавания КЭ с перекрыванием предложены только методы, которые требуют наличия дополнительных ChIP-seq экспериментов по партнерским мотивам. Мы предлагаем подход для выявления КЭ с перекрыванием мотивов по результату одного эксперимента ChIP-seq. Мы показали, что наш подход (1) подтверждает известные КЭ в случае наличия двух экспериментов ChIP-seq по обоим ТФ в составе КЭ; (2) предсказывает неизвестные ранее КЭ в случае, если для партнерского ТФ эксперимент ChIP-seq не проведен. Анализ более чем ста экспериментов ChIP-seq показал, что число потенциальных КЭ с перекрыванием мотивов на два порядка превосходит число потенциальных КЭ со спейсером.