На базе Института работают:

• Кафедра математического моделирования ММФ НГУ
  зав. кафедрой – д.т.н. В. Б. Барахнин
• Кафедра компьютерных систем ФИТ НГУ
  зав. кафедрой – к.т.н., доцент Б.Н. Пищик
• Кафедра вычислительных технологий НГТУ
  зав. кафедрой – академик Ю.И. Шокин
• Филиал кафедры прикладной математики и кибернетики СибГУТИ
  зав. кафедрой – д.т.н., профессор А.Н. Фионов
• Лаборатория вычислительных и информационных технологий в образовании (совместно с КемГУ и НГУ)
  зав. лабораторией – д.ф.-м.н., профессор Ю.Н. Захаров