1. 1. Бондаренко В.М., Грачева Н.М., Мацулевич Т.В. Дисбактериозы кишечника у взрослых. М.: KMK Scientic Press. 2003, 220 с.
2. 2. Bogaert D, Keijser B, Huse S, Rossen J, Veenhoven R, van Gils E, Bruin J, Montijn R, Bonten M, Sanders E. Variability and diversity of nasopharyngeal microbiota in children: a metagenomic analysis. PLoS One. 2011; Feb 28; 6(2): 17035-17043.
3. 3. Dickson RP, Erb-Downward JR, Martinez FJ, Huffnagle GB. The Microbiome and the Respiratory Tract. ARI. 2015; 22 October: 13:48.
4. 4. Dickson RP, Martinez FJ, Huffnagle GB. The role of the microbiome in exacerbations of chronic lung diseases. Lancet. 2014; 384: 691- 702.
5. 5. Benninger M, Brook I, Bernstein JM, Casey JR, Roos K, Marple B, Farrar JR. Bacterial interference in upper respiratory tract infections: a systematic review. Am J Rhinol Allergy. 2011; 25: 82-88.
6. 7. Aльбицкий В. Ю., Баранов А.А. Часто болеющие дети. Клинико-социальные аспекты. Пути оздоровления. Саратов: Изд-во Саратовского ун-та, 1986, 184 с.
7. 8. Карпова Е.П., Тулупов Д.А. Хронический аденоидит у детей: пособие для врачей. М.: Изд-во РМАПО, 2009. 53 с.
8. 9. Кутенкова Н. Е. Роль атопической сенсибилизации к условно-патогенной микрофлоре в патогенезе рецидивирующих респираторных инфекций у детей раннего и дошкольного возраста: автореф. дис. … канд. мед. наук. Кемерово, 2012, 25 с.
9. 10. Романцев М. Г., Ершов Ф. И. Часто болеющие дети: современная фармакотерапия. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2006. 192 с.
10. 11. Teo Shu M, Mok D, Pham K, Kusel M, Serralha M. The infant nasopharyngeal microbiome impacts severity of lower respiratory infection and risk of asthma development. Cell Host Microbe. 2015; 17: 704-715.
11. 12. Кушнарева М.В., Виноградова Т.В., Кешишян Е.С., Парфенов В.В., Кольцов В.Д., Брагина Г.С., соавт. Особенности иммунного статуса и системы интерферона у детей раннего возраста // Российский вестник перинатологии и педиатрии. 2016. Т61, №3. С.12-21. DOI:10.21508/1027-4065-2016-61-3-12-21.
12. 13. Romantsov MG, Melnikova IYu. Sickly children: issues of pharmacotherapy (scientific review) TERRA MEDICA. 2014; 1: 55-69.
13. 14. Dickson RP, Erb-Downward JR, Huffnagle GB. The role of the bacterial microbiome in lung disease. Expert Rev. Respir. Med. 2013; 7: 245-257.
14. 15. Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В. Анализ полных геномов - очередной этап в развитии микробиологии // Вестн. РАН. 2010. № 11(80). С. 977-984.
15. 16. Волкова Р.А., Сколетнева Е.С., Эльберт Е.В., Мыца Е.Д., Давыдов Д.С., Мовсесянц А.А., Меркулов В.А., Бондарев В.П., Борисевич И.В. Проблемы генотипирования микроорганизмов // БИОпрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. 2016; 16 (3): 139-144.
16. 17. Шестаков С.В. Метагеномика микробиома человека. Усп. соврем. биологии. 2010; 6(30): с.531-543.
17. 18. Jensen A, Fago-Olsen H, Sorensen CH, Kilian M. Molecular Mapping to Species Level of the Tonsillar Crypt Microbiota Associated with Health and Recurrent Tonsillitis. PLoS One. 2013; 8(2): e56418. doi:10.1371/journal.pone.0056418.
18. 19. Liu CM, Cosetti MK, Aziz M, Buchhagen JL, Contente-Cuomo TL. The otologic microbiome: a study of the bacterial microbiota in a pediatric patient with chronic serous otitis media using 16SrRNA gene-based pyrosequencing. Arch Otolaryngol Head Neck Surg. 2011; 137: 664-668.
19. 20. Bassis CM, Erb-Downward JR, Dickson RP, Freeman CM, Schmidt TM. Analysis of the upper respiratory tract microbiotas as the source of the lung and gastric microbiotas in healthy individuals. MBio 2015; 6: e00037-15.
20. 21. Gao Zh., Yu Kang, Jun Yu, Ren L. Human pharyngeal microbiome may play a protective role in respiratory tract infections. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2014; 12: 144-150.
21. 22. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. The Human Microbiome Project Consortium. Nature. 2012; V. 486: 201-214.
22. 23. Stearns JC, Davidson CJ, McKeon S, Whelan FJ, Fontes ME, Schryvers AB,. Culture and molecular-based proles show shifts in bacterial communities of the upper respiratory tract that occur with age. ISME J. 2015; 9(5): 1268. doi:10.1038/ismej.2015.49.
23. 24. Teo Shu M, Mok D, Pham K, Kusel M, Serralha M, Troy N. The infant nasopharyngeal microbiome impacts severity of lower respiratory infection and risk of asthma development. Cell Host Microbe. 2015; 17(5): 704-715. doi: 10.1016/j.chom.2015.03.008.
24. 25. Biesbroek G, Tsivtsivadze E, Sanders EA, Montijn R, Veenhoven RH, Keijser BJ. Early respiratory microbiota composition determines bacterial succession patterns and respiratory health in children. Am. J. Respir. Crit. Care. Med. 2014; 190(11): 1283-1292. doi:10.1164/rccm.201407- 1240OC.
25. 26. Sakwinska O, Schmid VB, Berger B, Bruttin A, Keitel K, Lepage M, et al. Nasopharyngeal microbiota in healthy children and pneumonia patients. J Clin Microbiol. 2014; 52(5): 1590-1594.
26. 27. Ren T, Ulrike DG, Nguyen TNh, Kaitlynn EA, Early StV, Sale M, Winther B, Wu M. 16S rRNA survey revealed complex bacterial communities and evidence of bacterial interference on human adenoids. Environmental Microbiology. 2012; 1: 2-13. doi:10.1111/1462-2920.12000.
27. 28. Costello EK, Lauber CL, Hamady M, Fierer N, Gordon JI., Knight R. Bacterial community variation in human body habitats across space and time. Science. 2009: 326: 1694-1697.
28. 29. Santee ClA, Nagalingam NA, Faruqi AA, DeMuri GrP, Gern JE, Wald ER, Lynch SV. Nasopharyngeal microbiota composition of children is related to the frequency of upper respiratory infection and acute sinusitis. Microbiome. 2016: 4: 34.
29. 30. Hilty M, Burke C, Pedro H, Cardenas P, Bush A. Disordered microbial communities in asthmatic airways. PLoS One. 2010; 5(1): e8578
30. 31. Quintero B, Araque M, van der Gaast-de Jongh C, Escalona F, Correa M, Morillo-Puente S. Epidemiology of Streptococcus pneumoniae and Staphylococcus aureus colonization in healthy Venezuelan children. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2011; 30: 7-19.
31. 32. Scholz CF, Poulsen K, Kilian M. Novel molecular method for identication of Streptococcus pneumoniae applicable to clinical microbiology and 16S rRNA sequence-based microbiome studies. J Clin Microbiol. 2012; 50: 1968-1973.
32. 33. Lee W-M, Grindle K, Pappas T, Marshall DJ, Moser MJ, Beaty EL, High-throughput, sensitive, and accurate multiplex PCR-microsphere flow cytometry system for large-scale comprehensive detection of respiratory viruses. J Clin Microbiol. 2007; 45(8): 2626-2634.
33. 34. Lysholm F, Wetterbom A, Lindau C, Darban H, Bjerkner A. Characterization of the Viral Microbiome in Patients with Severe Lower Respiratory Tract Infections, Using Metagenomic Sequencing. PLoS One. 2012; 7(2): e30875. doi:10.1371/journal.pone.0030875.
34. 35. Edwards RA, Rohwer F. Viral metagenomics. Nat Rev Microbiol. 2005: 3: 504-510.
35. 36. Bochkov YA, Grindle K, Vang F, Evans MD, Gern JE. Improved molecular typing assay for rhinovirus species A, B, and C. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(7): 2461-71.
36. 37. Раввин Н.В., Шестаков С.В. Геном прокариот // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2013; 4/2 (17): 972-984.
37. 38. Kumar H, Lund R, Laiho A, Lundelin K, Ley RE, Isolauri E, Salminen S. Gut microbiota as an epigenetic regulator: pilot study based on whole-genome methylation analysis. mBio 2014; 5(6): e02113-14. doi:10.1128/mBio.02113-14.
38. 39. Савченко Т.Н. Микроэкология новорождённых: автореф. дис. … докт. мед. наук. Волгоград, 2011, 34 с.
39. 40. Malygina OG, Bazhukova TA Inuence of antibiotics on formation of microecology in premature children with low and extremely low body weight at birth. Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol. 2014; Jan-Feb; (1): 61-65.
40. 41. Milani C, Mancabelli L, Lugli GA, Duranti S, Turroni F, Ferrario C, Mangifesta M, Viappiani A, Ferretti P, Gorfer V, Tett A, Segata N, van Sinderen D, Ventura M. Exploring Vertical Transmission of Bifidobacteria from Mother to Child. Appl Environ Microbiol. 2015; 81: 7078-7087.
41. 42. Бочков И.А., Юрко Л.П., Юдицкая Н.М. Состояние микрофлоры толстой кишки у детей раннего возраста (по материалам амбулаторных исследований). Инфекционные болезни. 2004; 2(3): 83-85.
42. 43. Jiménez E., Fernández L., Marín M.L., Martín R., Odriozola J.M., Nueno-Palop C. Isolation of commensal bacteria from umbilical cord blood of healthy neonates born by cesarean section. Curr. Microbiol. 2005; 51: 270-274.
43. 44. Peterson SW, Knox NC, Golding GR, Tyler SD, Tyler AD. A Study of the Infant Nasal Microbiome Development over the First Year of Life and in Relation to Their Primary Adult Caregivers Using cpn60 Universal Target (UT) as a Phylogenetic Marker. PLOS ONE. 2016; 11(3): e0152493.
44. 45. Shilts MH, Rosas-Salazar C, Tovchigrechko A, et al. Minimally invasive sampling method identifies differences in taxonomic richness of nasal microbiomes in young infants associated with mode of delivery. Microbial Ecology. 2016; 71(1): 233-242. doi:10.1007/s00248-015-0663-y.
45. 46. Шестаков С.В. Как происходит и чем лимитируется горизонтальный перенос генов у бактерий. Экологическая генетика. 2007, № 2(5), С. 12-24.
46. 47. Moore HC, Jacoby P, Taylor A, Harnett G, Bowman J, Riley TV. The interaction between respiratory viruses and pathogenic bacteria in the upper respiratory tract of asymptomatic aboriginal and non-aboriginal children. Pediatr Infect Dis J. 2010; 29: 540-545.
47. 48. Шабалдина Е.В., Кутенкова Н.Е, Шабалдин А.В., Лисаченко Г.В. Особенности иммунного и цитокинового статусов у детей с гипертрофией лимфоидного глоточного кольца и сопутствующей аллергией к инфекционным антигенам. Российская оториноларингология. 2012; 2: 118-123.
48. 49. Bogaert D, van Belkum A, Sluijter M, Luijendijk A, de Groot R, Rumke HC et al. Colonisation by Streptococcus pneumoniae and Staphylococcus aureus in healthy children. Lancet. 2004; 363: 1871-1872. pmid:15183627.
49. 50. Lebon A, Labout JA, Verbrugh HA, Jaddoe VW, Hofman A, van Wamel W et al. Dynamics and determinants of Staphylococcus aureus carriage in infancy: the Generation R Study. J Clin Microbiol. 2008; 46: 3517-3521.
50. 51. Воропаева, Е. А. Микробная экология и гистаминообразующая активность микроорганизмов зад- ней стенки глотки детей, больных бронхиальной астмой: автореф. дис. … канд. биол. наук. М., 2002, 24 с.
51. 52. Kononen E. Development of oral bacterial flora in young children. Ann Med 2000; 32: 107-112.
52. 53. Biesbroek G, Tsivtsivadze E, Sanders EA, Montijn R, Veenhoven RH, Keijser BJ, Early respiratory microbiota composition determines bacterial succession patterns and respiratory health in children. Am J Respir Crit Care Med. 2014; 190(11): 1283-1292.
53. 54. Шабалдина Е.В., Кутенкова Н.Е., Шабалдин А.В., Тихонюк В.П., Лисаченко Г.В. Роль сенсибилизации к инфекционным антигенам в патогенезе рецидивирования острых респираторных инфекций у детей. Педиатрия. 2013. №1. С. 24-33.
54. 55. Способ диагностики дисбиотических нарушений в биоптатах слизистой носа и глотки у детей раннего и дошкольного возраста с постоянно рецидивирующими острыми респираторными инфекциями. Тюменев А.В., Шабалдина Е.В., Шабалдин А.В., Рязанцев С.В., Симбирцев А.С. Патент Российской Федерации на изобретение №2576839.
55. 56. Способ определения провоспалительных и проаллергических интерлейкинов в назальном секрете у детей раннего и дошкольного возраста для диагностики этиологии рецидивирующих острых ринофарингитов и аденоидитов. Тюменев А.В., Шабалдина Е.В., Шабалдин А.В., Симбирцев А.С., Рязанцев С.В. Патент Российской Федерации на изобретение №2569054.
56. 57. Щеплягина Л.А. Секреторный иммунитет кишечника у детей раннего возраста. Педиатрия. 2011; 3: 48-50.